AT1G53490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; Has 175 Blast hits to 173 proteins in 83 species: Archae - 2; Bacteria - 14; Metazoa - 69; Fungi - 24; Plants - 38; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 28 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19965146..19966811 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34766.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 304 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRCNACWRDL EGRAISTTCG HLLCTEDASK ILSNDGACPI CDQVLSKSLM KPVDINPNEE WINMAMAGIS PQILMKSAYR SVMFYIAQRD LEMQYKMNRV 101: VAQCRQKCEG MQAKFSEKME QVHTAYQKMG KRCQMMEQEV ENLTKDKQEL QEKFSEKSRQ KRKLDEMYDQ LRSEYESVKR TAIQPANNFY PRHQEPDFFS 201: NPAVNMMENR ETIRKDRSFF SPATPGPKDE IWPARQNSSN SGPFDISTDS PAIPSDLGNR RAGRGHPVYG GGGTANPQST LRNLILSPIK RSQLSRSRPQ 301: LFTL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)