AT1G53130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Stigma-specific Stig1 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes GRIM REAPER (GRI), involved in the regulation of cell death induced by extracellular ROS (reactive oxygen species). Secreted into the extracellular space. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GRIM REAPER (GRI); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Stigma-specific protein Stig1 (InterPro:IPR006969); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Stigma-specific Stig1 family protein (TAIR:AT4G26880.1); Has 276 Blast hits to 191 proteins in 30 species: Archae - 0; Bacteria - 84; Metazoa - 0; Fungi - 32; Plants - 157; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19794947..19795453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18607.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 168 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVIKIPNTFI KATSLLSLIL YFLIIATSKS NSVLADEVVD QEDDPEYYIL DETPSILSNV TISSKTRLLV SHYKKIKKGM RCHVESYNIC NGVKANKGTS 101: LLHCCKKHCR NVLGDRNNCG RCGHKCGFGQ RCCGGVCTYV NFNPNHCGKC TRKCASGVKC EYGYCGYA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)