AT1G53110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
BEST Arabidopsis thaliana protein match is: proton pump interactor 2 (TAIR:AT3G15340.1); Has 9980 Blast hits to 7312 proteins in 825 species: Archae - 146; Bacteria - 1301; Metazoa - 3338; Fungi - 830; Plants - 588; Viruses - 42; Other Eukaryotes - 3735 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19790434..19792016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51020.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 439 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSASILLCDG FDVRRILTGK LNGDESSTVT TEEDDEAVFS GEEWCGESSY CFYFVKQFAY DDPEIKAKID EADHEVYHCN TDRIHIANRL KSKRAARLSL 101: VASMETLMSM KINEVEKEQE VVRGRIYRLG ERLSEIKMEI ELLDVQMACV LNQRDKAVER IKFLRMQRDK GNAAFYQSRV VMKKAIELAA SGNVRDLEEL 201: ADSEVEKFMS RWNNDKAFRD NYKKRILPSV NERKLRCDVQ IRDLEGNLDT ENGNETVVKK AIEYKRFSTE EESDDFDIPV YEKLGKEEKE IDEETLKEKK 301: REEQLEKARL AMERKRKLHE KAAAKAVIRV KKEAEKKRKE LDKRAKKKKA VCKSSSVDVD RTTETVSEAS KPEKEKLLNG RSVFPKQRSY NYRYHGKGND 401: AVLKAIIKRR KAYRLWVWTV SSAAVALPLA LLVVFYYVR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)