AT1G52990.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.999 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : thioredoxin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
thioredoxin family protein; FUNCTIONS IN: nucleic acid binding; INVOLVED IN: cell redox homeostasis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Thioredoxin, core (InterPro:IPR015467), Thioredoxin domain (InterPro:IPR013766), Thioredoxin, conserved site (InterPro:IPR017937), Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H fold (InterPro:IPR012337), Thioredoxin-like (InterPro:IPR017936), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein (TAIR:AT5G65005.1); Has 15228 Blast hits to 15210 proteins in 2870 species: Archae - 230; Bacteria - 9375; Metazoa - 871; Fungi - 596; Plants - 1211; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 2940 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19740503..19743449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35823.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 313 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKLRVLYRL ILTITCLVCY GFNVGKCSEF DFLIETYVSS SSVPSCRVKC NYDASHHEGD VVSGLGWLIR NSQGTVLECG MGKFQGRMTP EEAECSALIW 101: AIQATSAFGY TKVIFEGDNS NVNRLINTKS DNPRLKHYLD TIKSWIPSFT STEFIFTHRE QNQCADTLVK KAIKSSTQWS LFNCCPHFLY PIVLSILGQP 201: HLNFADWSGL IAWLPLLLRI TELNSQTPHV MVMFTARWCG PCRDMIPILN KMDSEYKNEF KFYTVNFDTE IRFTERFDIS YLPTTLVFKG GEQMAKVTGA 301: DPKKLRELVK KYI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)