AT1G52830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : indole-3-acetic acid 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
An extragenic dominant suppressor of the hy2 mutant phenotype. Also exhibits aspects of constitutive photomorphogenetic phenotype in the absence of hy2. Mutants have dominant leaf curling phenotype shortened hypocotyls and reduced apical hook. Induced by indole-3-acetic acid. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
indole-3-acetic acid 6 (IAA6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aux/IAA-ARF-dimerisation (InterPro:IPR011525), AUX/IAA protein (InterPro:IPR003311); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: indole-3-acetic acid inducible 19 (TAIR:AT3G15540.1); Has 1737 Blast hits to 1736 proteins in 78 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1736; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19672670..19673559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21032.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 189 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKEGLALEI TELRLGLPGD NYSEISVCGS SKKKKRVLSD MMTSSALDTE NENSVVSSVE DESLPVVKSQ AVGWPPVCSY RRKKNNEEAS KAIGYVKVSM 101: DGVPYMRKID LGSSNSYINL VTVLENLFGC LGIGVAKEGK KCEYIIIYED KDRDWMLVGD VPWQMFKESC KRLRIVKRSD ATGFGLQQD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)