AT1G52150.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.992 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeobox-leucine zipper family protein / lipid-binding START domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of the class III HD-ZIP protein family. Contains homeodomain and leucine zipper domain. Critical for vascular development and negatively regulates vascular cell differentiation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATHB-15; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Lipid-binding START (InterPro:IPR002913), MEKHLA (InterPro:IPR013978), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homeobox gene 8 (TAIR:AT4G32880.1); Has 3139 Blast hits to 3068 proteins in 257 species: Archae - 0; Bacteria - 18; Metazoa - 766; Fungi - 90; Plants - 2230; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 35 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19409913..19413961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 91834.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 837 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMSCKDGKL GCLDNGKYVR YTPEQVEALE RLYHDCPKPS SIRRQQLIRE CPILSNIEPK QIKVWFQNRR CREKQRKEAS RLQAVNRKLT AMNKLLMEEN 101: DRLQKQVSQL VHENSYFRQH TPNPSLPAKD TSCESVVTSG QHQLASQNPQ RDASPAGLLS IAEETLAEFL SKATGTAVEW VQMPGMKPGP DSIGIIAISH 201: GCTGVAARAC GLVGLEPTRV AEIVKDRPSW FRECRAVEVM NVLPTANGGT VELLYMQLYA PTTLAPPRDF WLLRYTSVLE DGSLVVCERS LKSTQNGPSM 301: PLVQNFVRAE MLSSGYLIRP CDGGGSIIHI VDHMDLEACS VPEVLRPLYE SPKVLAQKTT MAALRQLKQI AQEVTQTNSS VNGWGRRPAA LRALSQRLSR 401: GFNEAVNGFT DEGWSVIGDS MDDVTITVNS SPDKLMGLNL TFANGFAPVS NVVLCAKASM LLQNVPPAIL LRFLREHRSE WADNNIDAYL AAAVKVGPCS 501: ARVGGFGGQV ILPLAHTIEH EEFMEVIKLE GLGHSPEDAI VPRDIFLLQL CSGMDENAVG TCAELIFAPI DASFADDAPL LPSGFRIIPL DSAKQEVSSP 601: NRTLDLASAL EIGSAGTKAS TDQSGNSTCA RSVMTIAFEF GIESHMQEHV ASMARQYVRG IISSVQRVAL ALSPSHISSQ VGLRTPLGTP EAQTLARWIC 701: QSYRGYMGVE LLKSNSDGNE SILKNLWHHT DAIICCSMKA LPVFTFANQA GLDMLETTLV ALQDISLEKI FDDNGRKTLC SEFPQIMQQG FACLQGGICL 801: SSMGRPVSYE RAVAWKVLNE EENAHCICFV FINWSFV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)