AT1G50960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : gibberellin 2-oxidase 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with gibberellin 2-oxidase activity which acts specifically on C-20 gibberellins. DDF1 binds to GA2OX7 and regulates its expression in response to salt stress. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
gibberellin 2-oxidase 7 (GA2OX7); FUNCTIONS IN: C-20 gibberellin 2-beta-dioxygenase activity; INVOLVED IN: response to salt stress, gibberellin biosynthetic process, gibberellin metabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: central cell, hypocotyl; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gibberellin 2-oxidase 8 (TAIR:AT4G21200.1); Has 8324 Blast hits to 8283 proteins in 985 species: Archae - 0; Bacteria - 1088; Metazoa - 111; Fungi - 933; Plants - 4816; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1376 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:18889549..18891719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38291.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 336 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASQPPFKTN FCSIFGSSFP NSTSESNTNT STIQTSGIKL PVIDLSHLTS GEEVKRKRCV KQMVAAAKEW GFFQIVNHGI PKDVFEMMLL EEKKLFDQPF 101: SVKVRERFSD LSKNSYRWGN PSATSPAQYS VSEAFHIILS EVSRISDDRN NLRTIVETYV QEIARVAQMI CEILGKQVNV SSEYFENIFE LENSFLRLNK 201: YHPSVFGSEV FGLVPHTDTS FLTILSQDQI GGLELENNGQ WISVKPCLEA LTVNIGDMFQ ALSNGVYQSV RHRVISPANI ERMSIAFFVC PYLETEIDCF 301: GYPKKYRRFS FREYKEQSEH DVKETGDKVG LSRFLI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)