AT1G50590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RmlC-like cupins superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RmlC-like cupins superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pirin, C-terminal (InterPro:IPR008778), Pirin (InterPro:IPR012093), Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Pirin, N-terminal (InterPro:IPR003829); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RmlC-like cupins superfamily protein (TAIR:AT2G43120.1); Has 7420 Blast hits to 7420 proteins in 1472 species: Archae - 66; Bacteria - 4684; Metazoa - 72; Fungi - 219; Plants - 125; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2254 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:18732378..18734053 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34549.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPISEKSSAT NTRLVVKKLF ARQLHEGFGA VVRRSIGRFE FRYFDPFLVL DEFSVSAPAG FPDHPHRGFE TVTYMLEGEI LHEDCEGHKG VIREGGLQWM 101: TAGKGIVHSE MPSSNSNGIT HNKGLQLWIN LSSRQKLVEP SYQEIESKDI AETEKDGVRV RVIAGEWNGV KSKICTRTPT MYLDFTLSPG SRISQPIPLH 201: WNAFVYVLQG HGHFGDSKLQ HSAAAAHHLL VLGLGGDMLE AWNGSDSGLP LRFILVAGEP IGEPMVQFGP FVMNTQEEID ETIDDFENFR NGFEKARHWK 301: SQAASALGLF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)