AT1G49250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.868 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATP-dependent DNA ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ATP-dependent DNA ligase; FUNCTIONS IN: DNA binding, DNA ligase (ATP) activity, ATP binding; INVOLVED IN: DNA repair, DNA recombination, DNA replication; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: sperm cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), DNA ligase, N-terminal (InterPro:IPR012308), ATP dependent DNA ligase, central (InterPro:IPR012310), ATP dependent DNA ligase, C-terminal (InterPro:IPR012309), ATP-dependent DNA ligase, conserved site (InterPro:IPR016059), ATP-dependent DNA ligase (InterPro:IPR000977); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA ligase 1 (TAIR:AT1G08130.1); Has 3343 Blast hits to 3310 proteins in 864 species: Archae - 299; Bacteria - 1362; Metazoa - 364; Fungi - 424; Plants - 106; Viruses - 161; Other Eukaryotes - 627 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:18220533..18224256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 73488.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 657 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNASAKKKR KLEETVDTPP TRVDDKTLVL ISDSKKPKSD RVTKLKSKIG LLKKKPTESG RIVITHILCN MLRTVIATTP DDLLPTVYLA ANEIAPAHEG 101: IKLGMGKGSY IIKAISEAFG RTESHVEQQY TQLGDLGLVA NGSRSSQTMI FMPKPLTVVK VADTLRLIAK ESGKGSKDKK KDLMKALLVA TTDCEPLYLT 201: RLLQDNLRLG FSRQTVLAAL GQAAVYNEEH SKPPPNIKNP LDEAATIVKE VFSMLPVYDI IVGALLTSGV WNLPKTCNLT LGVPVRPMLA KATTRVDLIL 301: EKFKDTVFTA EYKYDGERAQ IYYMEDGTVE IFSRHAERNT GKYPDVALVL SRLKKPTVKS FILDCEVVTF NREKEKILPL QSTRAHKNVN VSDIKVGVCV 401: FAFDILYLNG QLLIHENLNI RREKLHDSFE EDLGYFQFAT ALTSNDIGEL QEFLKASIDI GCEGLMIKSL YSNATYEPAK RSNNWLKLKK DYMDNIGDSV 501: DLVPIATFHG RGKRTGFFGA YLLACYDVDK EEFQSICKIG TEFSDVELQD LSSSLCSKVI ATPKQYYQVD NDLNPDVWLE PTEVWEVKAA DLTVSPVYRE 601: AIGIVDPDKG ISLRFPRLVR IRKDKNPEEA TTSDQIAEMY QAQKHNQPSN QGKVDDD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)