AT1G48050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ku80 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Ku80 and ku70 form the heterodimer complex Ku, required for proper maintenance of the telomeric C strand. Ku regulates the extension of the telomeric G strand. Interacts with WEX, and this interaction stimulates the WEX exonuclease activity. Binds double stranded DNA breaks as a heterodimer with Ku70, involved in non-homologous end joining repair. Mutants are defective in T-DNA integration. Over expression confers increased resistance to DNA damage agents and increased susceptibility to T-DNA transformation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
KU80; FUNCTIONS IN: double-stranded DNA binding, protein binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta (InterPro:IPR005161), DNA helicase, ATP-dependent, Ku type (InterPro:IPR006164), Spen Paralogue and Orthologue SPOC, C-terminal-like (InterPro:IPR016194), Ku70/Ku80 C-terminal arm (InterPro:IPR005160), Ku, C-terminal (InterPro:IPR014893); Has 786 Blast hits to 750 proteins in 217 species: Archae - 0; Bacteria - 40; Metazoa - 246; Fungi - 345; Plants - 62; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 93 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:17723498..17726859 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76692.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 680 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARNREGLVL VLDVGPAMRS VLPDVEKACS MLLQKKLIYN KYDEVGIVVF GTEETGNELA REIGGYENVT VLRNIRVVDE LAAEHVKQLP RGTVAGDFLD 101: ALIVGMDMLI KMYGNAHKGK KRMCLITNAA CPTKDPFEGT KDDQVSTIAM KMAAEGIKME SIVMRSNLSG DAHERVIEEN DHLLTLFSSN AIAKTVNVDS 201: PLSLLGSLKT RRVAPVTLFR GDLEINPTMK IKVWVYKKVA EERLPTLKMY SDKAPPTDKF AKHEVKVDYD YKVTAESTEV IAPEERIKGF RYGPQVIPIS 301: PDQIETLKFK TDKGMKLLGF TEASNILRHY YMKDVNIVVP DPSKEKSVLA VSAIAREMKE TNKVAIVRCV WRNGQGNVVV GVLTPNVSER DDTPDSFYFN 401: VLPFAEDVRE FPFPSFNKLP SSWKPDEQQQ AVADNLVKML DLAPSAEEEV LKPDLTPNPV LQRFYEYLEL KSKSTDATLP PMDGTFKRLM EQDPELSSNN 501: KSIMDTFRGS FEVKENPKLK KASKRLLRDK PSGSDDEDNR MITYDAKENK IDIVGDANPI QDFEAMISRR DKTDWTEKAI TQMKNLIMKL VENCTDEGDK 601: ALECVLALRK GCVLEQEPKQ FNEFLNHLFK LCQERNLSHL LEHFMSKKIT LIPKSEAADS DIVDENAGDF IVKQESMLES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)