AT1G44820.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.994 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FP Images |
onion epidermal cell layer (peroxisomal marker)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptidase M20/M25/M40 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Peptidase M20/M25/M40 family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, aminoacylase activity; INVOLVED IN: metabolic process, cellular amino acid metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, cytoplasm; EXPRESSED IN: guard cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M20 (InterPro:IPR002933), N-acyl-L-amino-acid amidohydrolase (InterPro:IPR010159); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peptidase M20/M25/M40 family protein (TAIR:AT1G44180.1); Has 5585 Blast hits to 5583 proteins in 1537 species: Archae - 130; Bacteria - 3721; Metazoa - 430; Fungi - 258; Plants - 102; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 942 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:16926351..16928354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48961.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 438 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAISPLLWTL IIFSIIFSLQ SSSSEEDTPI TRFQQYLRFN TAHPNPNYTA PISFLINQAQ SIGLTTKTIE FISGKPILLI TWLGSNPNLP SILFNSHLDS 101: VPAESEKWTY PPFSAHKTID GHIYARGAQD DKCIGVQYLE SIRNLKSRGF SPLRTIHISY VPEEEIGGFD GMMKFAASSE FKDLNLGFAM DEGQANPGDE 201: FRVFYADRVP WHFVIKAEGI PGHGAKLYDN SAMENLMKSV ELISRFRESQ FDFVKAGKAA YSEVISVNPV YLKAGTPTTT GFVMNMQPSE AEAGYDLRLP 301: PMADPDVMKK RIAEEWAPSI RNMTYSIQEK GKLRDHLGRP IMTPVNDSNP WWSIFKQAVE AMGGKLAKPE ILASTTDSRF IRTLGIPTFG FSPMTNTPIL 401: LHDHNEFLKD TVFMKGIEVY ESVISALSSF EGESAQVI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)