AT1G44446.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pheophorbide a oxygenase family protein with Rieske [2Fe-2S] domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes chlorophyllide <i>a</i> oxygenase which converts chlorophyllide <i>a</i> to chlorophyllide <i>b</i> by catalyzing two successive hydroxylations at the 7-methyl group of chlorophyllide <i>a</i> . Mutants are deficient in pigments that associate with thylakoid membrane proteins, lacking chlorophyll <i>b</i> and light-harvesting proteins of photosystem II. The protein was shown through cross-linking experiments to interact with Toc75, Toc34, Tic40, Tic20 and Tic22. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CHLORINA 1 (CH1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain (InterPro:IPR017941), Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site (InterPro:IPR015881), Pheophorbide a oxygenase (InterPro:IPR013626); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 55-II (TAIR:AT2G24820.1); Has 6355 Blast hits to 6353 proteins in 945 species: Archae - 23; Bacteria - 4238; Metazoa - 95; Fungi - 51; Plants - 426; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1522 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:16848664..16851152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60333.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 536 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNAAVFSPSA LSLPISFSKT RSSFLSRKKG VKGEFRVFAV FGDESGLVEK KSQWRPLFDV EDPRSKAPPY KGKFLDVNQA IEVARFDIQY LDWRARQDLL 101: TIMILHDKVV DVLNPLAREY KSIGTVKKEL AGLQEELSKA HQQVHISEAR VSTALDKLAH MEELVNDRLL PGRVVTELDK PSSSTTASAV ELDREKTNTG 201: AKSLNVSGPV PPYSPHLKNF WYPVAFTADL KHDTMVPIEC FEQPWVIFRG EDGKPGCVRN TCAHRACPLD LGTVNEGRIQ CPYHGWEYST DGECKKMPST 301: KLLKVKIKSL PCLEQEGMIW IWPGDEPPAP ILPSLQPPSG FLIHAELVMD LPVEHGLLLD NLLDLAHAPF THTSTFAKGW SVPSLVKFLT PTSGLQGYWD 401: PYPIDMEFKP PCIVLSTIGI SKPGKLEGKS TQQCATHLHQ LHVCLPSSKN KTRLLYRMSL DFAPILKNLP FMEHLWRHFA EQVLNEDLRL VLGQQERMLN 501: GANIWNLPVA YDKLGVRYRL WRNAVDRGDD KLPFSG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)