AT1G44090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : gibberellin 20-oxidase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a gibberellin 20-oxidase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
gibberellin 20-oxidase 5 (GA20OX5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isopenicillin N synthase (InterPro:IPR002283), Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gibberellin 20-oxidase 3 (TAIR:AT5G07200.1); Has 8296 Blast hits to 8263 proteins in 963 species: Archae - 0; Bacteria - 1043; Metazoa - 120; Fungi - 995; Plants - 4852; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1286 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:16760677..16762486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43163.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 385 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCIYASRQTV CPYLTPFKVK RPKSREMNSS DVNFSLLQSQ PNVPAEFFWP EKDVAPSEGD LDLPIIDLSG FLNGNEAETQ LAAKAVKKAC MAHGTFLVVN 101: HGFKSGLAEK ALEISSLFFG LSKDEKLRAY RIPGNISGYT AGHSQRFSSN LPWNETLTLA FKKGPPHVVE DFLTSRLGNH RQEIGQVFQE FCDAMNGLVM 201: DLMELLGISM GLKDRTYYRR FFEDGSGIFR CNYYPPCKQP EKALGVGPHN DPTAITVLLQ DDVVGLEVFA AGSWQTVRPR PGALVVNVGD TFMALSNGNY 301: RSCYHRAVVN KEKVRRSLVF FSCPREDKII VPPPELVEGE EASRKYPDFT WAQLQKFTQS GYRVDNTTLH NFSSWLVSNS DKKST |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)