AT1G35630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.405 plasma membrane 0.386 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protease-associated (PA) RING/U-box zinc finger family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protease-associated (PA) RING/U-box zinc finger family protein; FUNCTIONS IN: peptidase activity, zinc ion binding; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease-associated PA (InterPro:IPR003137), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT1G35625.1); Has 8134 Blast hits to 8105 proteins in 268 species: Archae - 0; Bacteria - 34; Metazoa - 2162; Fungi - 594; Plants - 4523; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 821 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:13163041..13164484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34917.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 318 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNYSWITIMS LLVICKLASA KVVLIGKNTI LSFDDVEATF TPIVRNSGEC GILYVAEPLE ACSDITNMAE KRSKYRSSYV LIVLGGCSFE EKVRKAQKAG 101: YKAAIVYNDG YDELLVPMAG NSSGVDIHGL LVTRASGEVL KGYADQDEMK LWLIPGFGIS SWSIMGITFI SLLAMSAILA TCFVVRRHQI RQSVRDLPHG 201: GQGLSCMPRD LLQSMPTEVY SGVLEESSTS VTCAICIDDY CVGEKLRILP CKHKYHAVCI DSWLGRCRSF CPVCKQNPRT GNDVPPASET TPLISPSPNS 301: ITSLQSFYDL PIVVRVYL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)