AT1G34790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a zinc finger protein; involved in photomorphogenesis, flavonoid biosynthesis, flower and seed development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
transparent testa 1 (TT1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WIP domain protein 5 (TAIR:AT1G51220.1); Has 15538 Blast hits to 10276 proteins in 169 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 14379; Fungi - 110; Plants - 685; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 364 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:12763953..12765489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34513.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 303 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESPPLYEIS SSSSSEKPRH HFQSLDLFPN LNQNSCINNT LIEPLPLIDR INLNSNLDLN PNPLYAEEGE QEEEEEEEED REVDVDLHIG LPGFGKPSND 101: AKQLKKRNGK EIATYDAGKG IENELSGKAY WIPAPEQILI GFTHFSCHVC FKTFNRYNNL QMHMWGHGSQ YRKGPESLKG TQPRAMLGIP CYCCVEGCRN 201: HIDHPRSKPL KDFRTLQTHY KRKHGHKPFS CRLCGKLLAV KGDWRTHEKN CGKRWVCVCG SDFKHKRSLK DHVKAFGSGH GPYPTGLFEE QASNSSVSET 301: LFF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)