AT1G34170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AUXIN RESPONSE FACTOR 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AUXIN RESPONSE FACTOR 13 (ARF13); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcriptional factor B3 (InterPro:IPR003340), Auxin response factor (InterPro:IPR010525); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin response factor 14 (TAIR:AT1G35540.1); Has 1152 Blast hits to 1137 proteins in 53 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1151; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:12444265..12446764 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57350.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 505 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENNGEMNAQ PELSVDITKT YMYEKLWNIC AGPLCVLPKP GEKVYYFPQG HIELIENSTR DELDHIRPIF DLPSKLRCRV VAIDRKVDKN TDEVYAQISL 101: MPDTTEVMTH NTTMDTRRPI VYFFSKILTA SDVSLSGGLI IPKQYAIECF PPLDMSQPIS TQNLVAKDLY GQEWSFKHVF RGTPQRHMFT SGGGWSVFAT 201: TKRLIVGDIF VLLRGENGEL RFGIRRAKHQ QGHIPSSVIS ANCMQHGVIA SVVNAFKTKC MFNVVYKPSS SQFVISYDKF VDAMNNNYIV GSRFRMQFEG 301: KDFSEKRYDG TIIGVNDMSP HWKDSEWRSL KVQWDELSPF LRPNQVSPWD IEHLIPSSDI SQSSLKKKKH WLQLNEIGAT LSNLWTCQEI GQRSMNSPIS 401: VPEFSYPNAI EDSKFLSGLL LNHSLLAIPN ENYNSDQMIQ PRKEDITTEA TTSCLLFGVD LTKVSKSKDS ICPIESCKKS EISKLKNQKA TTSCLKIKSL 501: TKPNL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)