AT1G32270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.969 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of SYP2 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATSYP24; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Late embryogenesis abundant protein, group 2 (InterPro:IPR004864); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Syntaxin/t-SNARE family protein (TAIR:AT5G46860.1); Has 1336 Blast hits to 1336 proteins in 217 species: Archae - 0; Bacteria - 9; Metazoa - 416; Fungi - 220; Plants - 605; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 86 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:11642593..11644962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47631.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 416 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVRSNDVKFQ VYDAELTHFD LESNNNLQYS LSLNLSIRNS KSSIGIHYDR FEATVYYMNQ RLGAVPMPLF YLGSKNTMLL RALFEGQTLV LLKGNERKKF 101: EDDQKTGVYR IDVKLSINFR VMVLHLVTWP MKPVVRCHLK IPLALGSSNS TGGHKKMLLI GQLVKDTSAN LREASETDHR RDVAQSKKIA DAKLAKDFEA 201: ALKEFQKAQH ITVERETSYI PFDPKGSFSS SEVDIGYDRS QEQRVLMESR RQEIVLLDNE ISLNEARIEA REQGIQEVKH QISEVMEMFK DLAVMVDHQG 301: TIDDIDEKID NLRSAAAQGK SHLVKASNTQ GSNSSLLFSC SLLLFFFLSG DLCRCVCVGS ENPRLNPTRR KAWCEEEDEE QRKKQQKKKT MSEKRRREEK 401: KVNKPNGFVF CVLGHK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)