AT1G32080.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : membrane protein, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
membrane protein, putative; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast inner membrane, membrane, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: LrgB-like protein (InterPro:IPR007300); Has 3603 Blast hits to 3592 proteins in 1271 species: Archae - 22; Bacteria - 3356; Metazoa - 0; Fungi - 58; Plants - 57; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 110 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11537572..11539756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54019.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 512 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATLLATPIF SPLASSPARN RLSCSKIRFG SKNGKILNSD GAQKLNLSKF RKPDGQRFLQ MGSSKEMNFE RKLSVQAMDG AGTGNTSTIS RNVIAISHLL 101: VSLGIILAAD YFLKQAFVAA SIKFPSALFG MFCIFSVLMI FDSVVPAAAN GLMNFFEPAF LFIQRWLPLF YVPSLVVLPL SVRDIPAASG VKICYIVAGG 201: WLASLCVAGY TAIAVRKMVK TEMTEAEPMA KPSPFSTLEL WSWSGIFVVS FVGALFYPNS LGTSARTSLP FLLSSTVLGY IVGSGLPSSI KKVFHPIICC 301: ALSAVLAALA FGYASGSGLD PVLGNYLTKV ASDPGAGDIL MGFLGSVILS FAFSMFKQRK LVKRHAAEIF TSVIVSTVFS LYSTALVGRL VGLEPSLTVS 401: ILPRCITVAL ALSIVSLFEG TNSSLTAAVV VVTGLIGANF VQVVLDKLRL RDPIARGIAT ASSAHGLGTA ALSAKEPEAL PFCAIAYALT GIFGSLLCSV 501: PAVRQSLLAV VG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)