AT1G31740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-galactosidase 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative β-galactosidase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-galactosidase 15 (BGAL15); FUNCTIONS IN: beta-galactosidase activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 7 plant structures; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 35, conserved site (InterPro:IPR019801), Glycoside hydrolase, family 35 (InterPro:IPR001944), D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin (InterPro:IPR000922), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Galactose-binding domain-like (InterPro:IPR008979), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-galactosidase 7 (TAIR:AT5G20710.1); Has 2176 Blast hits to 2100 proteins in 470 species: Archae - 15; Bacteria - 883; Metazoa - 370; Fungi - 212; Plants - 619; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 77 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11365285..11369908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 87429.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 786 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSIYTIVLLF LFHSRKRKFY ITTMVSLSFI LCCVLVSSCA YATIVSHDGR AITIDGHRRV LLSGSIHYPR STTEMWPDLI KKGKEGSLDA IETYVFWNAH 101: EPTRRQYDFS GNLDLIRFLK TIQNEGMYGV LRIGPYVCAE WNYGGFPVWL HNMPGMEFRT TNTAFMNEMQ NFTTMIVEMV KKEKLFASQG GPIILAQIEN 201: EYGNVIGSYG EAGKAYIQWC ANMANSLDVG VPWIMCQQDD APQPMLNTCN GYYCDNFSPN NPNTPKMWTE NWTGWYKNWG GKDPHRTTED VAFAVARFFQ 301: KEGTFQNYYM YHGGTNFDRT AGGPYITTTY DYDAPLDEFG NLNQPKYGHL KQLHDVLHAM EKTLTYGNIS TVDFGNLVTA TVYQTEEGSS CFIGNVNETS 401: DAKINFQGTS YDVPAWSVSI LPDCKTETYN TAKINTQTSV MVKKANEAEN EPSTLKWSWR PENIDSVLLK GKGESTMRQL FDQKVVSNDE SDYLWYMTTV 501: NLKEQDPVLG KNMSLRINST AHVLHAFVNG QHIGNYRVEN GKFHYVFEQD AKFNPGANVI TLLSITVGLP NYGAFFENFS AGITGPVFII GRNGDETIVK 601: DLSTHKWSYK TGLSGFENQL FSSESPSTWS APLGSEPVVV DLLGLGKGTA WINGNNIGRY WPAFLSDIDG DNTLVLFEEI GGNPSLVNFQ TIGVGSVCAN 701: VYEKNVLELS CNGKPISAIK FASFGNPGGD CGSFEKGTCE ASNNAAAILT QECVGKEKCS IDVSEDKFGA AECGALAKRL AVEAIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)