AT1G28210.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNAJ heat shock family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
DnaJ homolog AtJ1 (atj) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATJ1; FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, heat shock protein binding, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), HSP40/DnaJ peptide-binding (InterPro:IPR008971), Chaperone DnaJ, C-terminal (InterPro:IPR002939), Heat shock protein DnaJ, N-terminal (InterPro:IPR001623), Heat shock protein DnaJ, conserved site (InterPro:IPR018253), Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain (InterPro:IPR001305), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), Heat shock protein DnaJ (InterPro:IPR003095); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gametophytic factor 2 (TAIR:AT5G48030.1); Has 28171 Blast hits to 27206 proteins in 3463 species: Archae - 195; Bacteria - 10792; Metazoa - 4387; Fungi - 2267; Plants - 2533; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 7980 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:9854598..9859977 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47843.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 427 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRFNWVLRH VQARRTFDSA IGLRQGSQKP LFERYIHATG INNSSARNYY DVLGVSPKAT REEIKKSFHE LAKKFHPDTN RNNPSAKRKF QEIREAYETL 101: GNSERREEYD KLQYRNSDYV NNDGGDSERF RRAYQSNFSD TFHKIFSEIF ENNQIKPDIR VELSLSLSEA AEGCTKRLSF DAYVFCDSCD GLGHPSDAAM 201: SICPTCRGVG RVTIPPFTAS CQTCKGTGHI IKEYCMSCRG SGIVEGTKTA ELVIPGGVES EATITIVGAG NVSSRTSQPG NLYIKLKVAN DSTFTRDGSD 301: IYVDANISFT QAILGGKVVV PTLSGKIQLD IPKGTQPDQL LVLRGKGLPK QGFFVDHGDQ YVRFRVNFPT EVNERQRAIL EEFAKEEINN ELSDSAEGSW 401: WNLTGPQIIR DFSLMVLLAL LLSRLMG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)