AT1G28040.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.965 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT2G46494.1); Has 8456 Blast hits to 8431 proteins in 273 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1947; Fungi - 512; Plants - 4886; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 1092 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:9773580..9774910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33499.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 299 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGTFLVDEI NYQKQQISIS DPENCMVKRL LTFNTSGSPF SYGFSFYYTF LTCPNEVVIP VWSLMSIPCL SNSTSSFFAT SNLTFSKLLP PSCQIVKGLY 101: VPVDVIYKDV ITEEKGFSTV PWLGNVLLEW SSPNCRGCEK ESLRCGFKNK ASLEVKYLAD PPDETKSRLR PLIITLCIIG GITATCIAAI RIYNSERFVN 201: QRRQNAAITA RNTTQQPRGV VVTTGLDQST IESYKKVELG ESRRLPGTNG IICPICLSEY ASKETVRCMP ECDHCFHVQC IDEWLKIHSS CPVCRNSRS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)