AT1G28030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.773 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein (TAIR:AT1G52820.1); Has 5089 Blast hits to 5024 proteins in 625 species: Archae - 0; Bacteria - 336; Metazoa - 25; Fungi - 264; Plants - 4092; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 372 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:9771793..9773345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36531.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 322 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAISSESQVP LSLPIIDFSN PDLKPETPEW DLVRSQVRKA LEEYGCFEAL FDGASMELRK ALFESSKEVF DLPLETKLST KTDVHYEGYL TIPRVPIQEG 101: MGFYGIDNPN VVNDLTHKLW PQGNIFVGKN VQSFAEKLIE LNLTVRTMTL ESFGLEKYME EHLNAANKHF QLLKYKGISD DNTENKIGFY PHIDRHFLTI 201: LCQNDAVDGL EIKTKDGEEW IKVKPSQASS FIVMAGASLH VLLNGGVFPP LHRVVITGKK DRYVAALFTI PKEGVIINAP EEMVDDEHPR LYKPFDFWGF 301: LKFSNLPNAR KDISDLTDYC AL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)