AT1G25490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ARM repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
One of three genes encoding phosphoprotein phosphatase 2A regulatory subunit A; Recessive ethylene-response mutant EER1 displays increased ethylene sensitivity in the hypocotyl and stem | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ROOTS CURL IN NPA (RCN1); FUNCTIONS IN: protein phosphatase type 2A regulator activity; INVOLVED IN: response to ethylene stimulus, abscisic acid mediated signaling pathway, regulation of stomatal movement, positive regulation of abscisic acid mediated signaling pathway, auxin polar transport; LOCATED IN: cell wall, plasma membrane, protein phosphatase type 2A complex; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HEAT (InterPro:IPR000357), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), HEAT, type 2 (InterPro:IPR021133), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein phosphatase 2A subunit A2 (TAIR:AT3G25800.1); Has 2785 Blast hits to 1557 proteins in 250 species: Archae - 15; Bacteria - 74; Metazoa - 1400; Fungi - 416; Plants - 342; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 538 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8951700..8954899 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65497.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 588 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMVDEPLYP IAVLIDELKN DDIQLRLNSI RRLSTIARAL GEERTRKELI PFLSENSDDD DEVLLAMAEE LGVFIPFVGG IEFAHVLLPP LESLCTVEET 101: CVREKAVESL CKIGSQMKEN DLVESFVPLV KRLAGGEWFA ARVSACGIFH VAYQGCTDVL KTELRATYSQ LCKDDMPMVR RAAASNLGKF ATTVESTFLI 201: AEIMTMFDDL TKDDQDSVRL LAVEGCAALG KLLEPQDCVA RILPVIVNFS QDKSWRVRYM VANQLYELCE AVGPDCTRTD LVPAYVRLLR DNEAEVRIAA 301: AGKVTKFCRL LNPELAIQHI LPCVKELSSD SSQHVRSALA SVIMGMAPIL GKDSTIEHLL PIFLSLLKDE FPDVRLNIIS KLDQVNQVIG IDLLSQSLLP 401: AIVELAEDRH WRVRLAIIEY VPLLASQLGI GFFDDKLGAL CMQWLQDKVY SIREAAANNL KRLAEEFGPE WAMQHLVPQV LDMVNNPHYL HRMMVLRAIS 501: LMAPVMGSEI TCSKFLPVVV EASKDRVPNI KFNVAKLLQS LIPIVDQSVV DKTIRQCLVD LSEDPDVDVR YFANQALNSI DGSTAAQS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)