AT1G25410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : isopentenyltransferase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
AB061404 Arabidopsis thaliana AtIPT6 mRNA for cytokinin synthase, complete cds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isopentenyltransferase 6 (IPT6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: tRNA isopentenyltransferase (InterPro:IPR002627); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isopentenyltransferase 1 (TAIR:AT1G68460.1); Has 7248 Blast hits to 7187 proteins in 2504 species: Archae - 0; Bacteria - 4974; Metazoa - 135; Fungi - 135; Plants - 290; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1714 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8914191..8915219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38364.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 342 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQQLMTLLSP PLSHSSLLPT VTTKFGSPRL VTTCMGHAGR KNIKDKVVLI TGTTGTGKSR LSVDLATRFF PAEIINSDKM QIYKGFEIVT NLIPLHEQGG 101: VPHHLLGQFH PQDGELTPAE FRSLATLSIS KLISSKKLPI VVGGSNSFNH ALLAERFDPD IDPFSPGSSL STICSDLRYK CCILWVDVLE PVLFQHLCNR 201: VDQMIESGLV EQLAELYDPV VDSGRRLGVR KTIGVEEFDR YFRVYPKEMD KGIWDLARKA AYEETVKGMK ERTCRLVKKQ KEKIMKLIRG GWEIKRLDAT 301: AAIMAELNQS TAKGEGKNGR EIWEKHIVDE SVEIVKKFLL EV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)