AT1G25210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase family protein; FUNCTIONS IN: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity; INVOLVED IN: lipid A biosynthetic process; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal (InterPro:IPR015870), UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase (InterPro:IPR004463), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal (InterPro:IPR011334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase family protein (TAIR:AT1G24880.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8833018..8834871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41325.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 371 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIIRRLRLQK WRLCEIEKSI TQRKWFLVEQ LGYLHNMNFD SDVESMRLPV TVKATKPSFL VIWIRYSSAA SSPTVSLNPS GRLQQTLAGS VEVKGKSLHS 101: GKFSTVKLNP EIAGAGRFFE FRSRFIPASI EFAQESPLCT TLLKDELKIR TVEHLLSALE AKGVDNCRIQ IESESSDDRE VEVPIFDGSA KEWVDAIQGV 201: GINAAQNHDG ESVEKMVAHV NKPVYVCKND TFVAAFPALE TRITCGIDFP QVPAIGCQWF SWRPIHESSF AKDIASSRTF CVYEEVERMR EAGLIKGGSL 301: DNAIVCSAEH GWMNPPLRFD DEACRHKILD LIGDLSLVSR GGNGGLPVAH IVAYKAGHAL HTDLARHLTM D |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)