AT1G23210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glycosyl hydrolase 9B6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
glycosyl hydrolase 9B6 (GH9B6); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: sperm cell, male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Six-hairpin glycosidase (InterPro:IPR012341), Glycoside hydrolase, family 9, active site (InterPro:IPR018221), Six-hairpin glycosidase-like (InterPro:IPR008928), Glycoside hydrolase, family 9 (InterPro:IPR001701); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycosyl hydrolase 9B1 (TAIR:AT1G70710.1); Has 1742 Blast hits to 1728 proteins in 256 species: Archae - 2; Bacteria - 580; Metazoa - 187; Fungi - 17; Plants - 918; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 38 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8240174..8242129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54633.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 489 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGKSFMTPA IMLAMLLLIS PETYAGHDYR DALRKSILFF EGQRSGKLPP DQRLKWRRDS ALRDGSSAGV DLTGGYYDAG DNVKFGFPMA FTTTMMSWSV 101: IDFGKTMGPE LENAVKAIKW GTDYLMKATQ IPDVVFVQVG DAYSDHNCWE RPEDMDTLRT VYKIDKDHSG SEVAGETAAA LAAASIVFEK RDPVYSKMLL 201: DRATRVFAFA QKYRGAYSDS LYQAVCPFYC DFNGYEDELL WGAAWLHKAS KKRVYREFIV KNQVILRAGD TIHEFGWDNK HAGINVLVSK MVLMGKAEYF 301: QSFKQNADEF ICSLLPGISH PQVQYSQGGL LVKSGGSNMQ HVTSLSFLLL TYSNYLSHAN KVVPCGEFTA SPALLRQVAK RQVDYILGDN PMKMSYMVGY 401: GSRFPQKIHH RGSSVPSVVD HPDRIGCKDG SRYFFSNNPN PNLLIGAVVG GPNITDDFPD SRPYFQLTEP TTYINAPLLG LLGYFSAHY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)