AT1G21710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.903 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 8-oxoguanine-DNA glycosylase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes 8-oxoguanine-DNA glycosylase. DNA repair enzyme. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
8-oxoguanine-DNA glycosylase 1 (OGG1); FUNCTIONS IN: oxidized purine base lesion DNA N-glycosylase activity; INVOLVED IN: DNA repair, base-excision repair; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA glycosylase (InterPro:IPR011257), Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 (InterPro:IPR003583), Transcription factor TFIID, C-terminal/DNA glycosylase, N-terminal (InterPro:IPR012294), 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal (InterPro:IPR012904), HhH-GPD domain (InterPro:IPR003265); Has 951 Blast hits to 936 proteins in 417 species: Archae - 106; Bacteria - 332; Metazoa - 176; Fungi - 163; Plants - 46; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 128 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:7624439..7625869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40285.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 365 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRPRPTSQP SISSTVKPPL SPPVTPILKQ KLHRTGTPKW FPLKLTHTEL TLPLTFPTGQ TFRWKKTGAI QYSGTIGPHL VSLRQRPGDD AVSYCVHCST 101: SPKSAELALL DFLNAEISLA ELWSDFSKKD PRFGELARHL RGARVLRQDP LECLIQFLCS SNNNIARITK MVDFVSSLGL HLGDIDGFEF HQFPSLDRLS 201: RVSEEEFRKA GFGYRAKYIT GTVNALQAKP GGGNEWLLSL RKVELQEAVA ALCTLPGVGP KVAACIALFS LDQHSAIPVD THVWQIATNY LLPDLAGAKL 301: TPKLHGRVAE AFVSKYGEYA GWAQTLLFIA ELPAQKTLLQ SFSQPINKLD ESAEVNETSC DTLKP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)