AT1G21320.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nucleotide binding;nucleic acid binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
nucleotide binding;nucleic acid binding; FUNCTIONS IN: nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: flower, cultured cell; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), VQ (InterPro:IPR008889); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VQ motif-containing protein (TAIR:AT1G21326.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:7462834..7465200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46161.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 421 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDNRSPRSRG NMGPKPTPLK VRGDSHKIIK KPPLAPPHPQ PQPPQTHQQE PSQSRPPPGP VNIYTVTPRI IHTHPNNFMT LVQRLTGQTS TSTTSSSSSS 101: STSEPKDTST MVDTSHGLIS PAARFAVTEK ANISNELGTF VGGEGTMDQY YHHHHQEQPH QNRGFERPSF HHAGILSPGP YSLPSVSPDF FSTIGPTDPQ 201: EGTPYLIPSG DMHSYLSQDE DRGIPHSVKD TRSIGSAYDR YLQSMQTFFV PSEEAGPFNG VGMVRQGGSN MMPGPSMGEL MAGCGGSLPS DFRPNGRDMG 301: FGQLDSVGRP GREPHPLPPD VSNTLYVEGL PSNCSRREVS HIFRPFVGYR EVRLVTQDSK HRSGDPTVLC FVDFENSACA ATALSALQDY RMDEDEPDSK 401: ILRLQFFRNP GPRPGQRGGR R |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)