AT1G20920.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.605 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, ATP-dependent helicase activity, ATP binding, nucleic acid binding; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT3G09620.1); Has 45185 Blast hits to 44279 proteins in 3076 species: Archae - 794; Bacteria - 22443; Metazoa - 6674; Fungi - 4936; Plants - 2699; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 7628 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:7286356..7288842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 90943.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 828 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDVDEETKPE NDGDAKMVDL ENETAATVSE SGGDGAVDEE EIDPLDAFMN TMVLPEVEKF CNGAPPPAVN DGTLDSKMNG KESGDRPKKG FNKALGRIIQ 101: GEDSDSDYSE PKNDDDPSLD EDDEEFMKRV KKTKAEKLSL VDHSKIEYEP FRKNFYIEVK DISRMTQEEV NTYRKELELK VHGKDVPRPI KFWHQTGLTS 201: KILDTMKKLN YEKPMPIQTQ ALPIIMSGRD CIGVAKTGSG KTLGFVLPML RHIKDQPPVE AGDGPIGLVM APTRELVQQI HSDIRKFSKP LGIRCVPVYG 301: GSGVAQQISE LKRGTEIVVC TPGRMIDILC TSSGKITNLR RVTFLVMDEA DRMFDMGFEP QITRIIQNIR PERQTVLFSA TFPRQVETLA RKVLNKPVEI 401: QVGGRSVVNK DITQLVEVRP ESDRFLRLLE LLGEWSEKGK ILVFVQSQEK CDALYRDMIK SSYPCLSLHG GKDQTDREST ISDFKNDVCN LLIATSVAAR 501: GLDVKELELV VNFDAPNHYE DYVHRVGRTG RAGRKGCAVT FISEDDAKYA PDLVKALELS EQPVPDDLKA LADGFMVKVK QGIEQAHGTG YGGSGFKFNE 601: EEEEVRKAAK KAQAKEYGFE EDKSDSEDEN DVVRKAGGGE ISQQQATFAQ IAAIAAAAKA AAAAPVSAPV TANQLLANGG GLAAMPGVLP VTVPTLPSEG 701: AGRAAAMVAA MNLQHNLAKI QADAMPEHYE AELEINDFPQ NARWKVTHKE TLGPISEWTG AAITTRGQFY PTGRIPGPGE RKLYLFIEGP SEKSVKHAKA 801: ELKRVLEDIT NQAMSSLPGG ASGRYSVL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)