AT1G20910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ARID/BRIGHT DNA-binding domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARID/BRIGHT DNA-binding domain-containing protein; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock protein Hsp20 (InterPro:IPR002068), HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978), ARID/BRIGHT DNA-binding domain (InterPro:IPR001606); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARID/BRIGHT DNA-binding domain-containing protein (TAIR:AT1G76510.2); Has 727 Blast hits to 727 proteins in 115 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 457; Fungi - 67; Plants - 164; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 39 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:7277209..7280635 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44267.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 398 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVDTEMQEQD VTFGALVETK YLEEEPLEPE NDHNPSEIPQ PLLLGDGQAN NGHGMNGGAV GVVDHSERKT RRVQMLSPKT EGENAKKRKT WLLDSEAQGT 101: DEAGTPVEQV AFLREVEAFY KESFLEFKPP KFYGQPLNIL KLWRAVVNLG GYEVVTTNKL WRQVGESFNP PKTCTTVSYT FRNFYEKALL EYEKCLRNNG 201: ELNLPGSTLI LSSSVEKEPS SHQGSGSGRA RRDSAARAMQ GWHAQRLVGS GEVTAPAVKD KGLISTPKHK KLKSIGLQKH KQQTSMDHVV TNEADKQLAA 301: EVVDVGPVAD WVKINVKESK DSFEIFALVP GLLRKEVRIQ SDPAGKVVIT GQPEQLDNPW GITPFKKIVD LSARIDPLHT SAVMSMHGRL FIRVPFEQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)