AT1G19230.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.796 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Riboflavin synthase-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Riboflavin synthase-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: defense response; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ferredoxin reductase-type FAD-binding domain (InterPro:IPR017927), EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), Cytochrome b245, heavy chain (InterPro:IPR000778), Ferric reductase-like transmembrane component, N-terminal (InterPro:IPR013130), Ferric reductase, NAD binding (InterPro:IPR013121), NADPH oxidase Respiratory burst (InterPro:IPR013623), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), FAD-binding 8 (InterPro:IPR013112), Riboflavin synthase-like beta-barrel (InterPro:IPR017938); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: respiratory burst oxidase protein F (TAIR:AT1G64060.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6644189..6649149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 105552.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 934 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKLSPLSFST SSSFSHADGI DDGVELISSP FAGGAMLPVF LNDLSRNSGE SGSGSSWERE LVEVTLELDV GDDSILVCGM SEAASVDSRA RSVDLVTARL 101: SRNLSNASTR IRQKLGKLLR SESWKTTTSS TAGERDRDLE RQTAVTLGIL TARDKRKEDA KLQRSTSSAQ RALKGLQFIN KTTRGNSCVC DWDCDCDQMW 201: KKVEKRFESL SKNGLLARDD FGECVGMVDS KDFAVSVFDA LARRRRQKLE KITKDELHDF WADSNEDGKI TREEIKELLM LSASANKLAK LKEQAEEYAS 301: LIMEELDPEN FGYIELWQLE TLLLQRDAYM NYSRPLSTTS GGVSTPRRNL IRPRHVVQKC RKKLQCLILD NWQRSWVLLV WVMLMAILFV WKFLEYREKA 401: AFKVMGYCLT TAKGAAETLK LNMALVLLPV CRNTLTWLRS TRARACVPFD DNINFHKIIA CAIAIGILVH AGTHLACDFP RIINSSPEQF VLIASAFNGT 501: KPTFKDLMTG AEGITGISMV ILTTIAFTLA STHFRRNRVR LPAPLDRLTG FNAFWYTHHL LVVVYIMLIV HGTFLFFADK WYQKTTWMYI SVPLVLYVAE 601: RSLRACRSKH YSVKILKVSM LPGEVLSLIM SKPPGFKYKS GQYIFLQCPT ISRFEWHPFS ITSAPGDDQL SVHIRTLGDW TEELRRVLTV GKDLSTCVIG 701: RSKFSAYCNI DMINRPKLLV DGPYGAPAQD YRSYDVLLLI GLGIGATPFI SILKDLLNNS RDEQTDNEFS RSDFSWNSCT SSYTTATPTS THGGKKKAVK 801: AHFYWVTREP GSVEWFRGVM EEISDMDCRG QIELHNYLTS VYDEGDARST LIKMVQALNH AKHGVDILSG TRVRTHFARP NWKEVFSSIA RKHPNSTVGV 901: FYCGIQTVAK ELKKQAQDMS QKTTTRFEFH KEHF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)