AT1G18510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.988 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tetraspanin 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of TETRASPANIN family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tetraspanin 16 (TET16); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tetraspanin 17 (TAIR:AT1G74045.1); Has 136 Blast hits to 136 proteins in 18 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 136; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6373295..6374090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27089.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 238 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATIILICIG LTMTGTGLYY RKTVSKCIRE TDGSFVVIGL LLLVIPQFAL YAICCHSKRM FTIYIYAMIF VSIVLGGYSL KCFIYNTTFG IAKNPAEEKR 101: TAKQLVGRLV PESKLAKVTE CIIHNHDCNF NASQNSNVWR YCCAQPRGCG VTTMFGQPGE WSWKHQHVEN HVPEECSYEY CLSCRGCQMS ILKAIVHQWK 201: YLSMFSYPAL FLVCLSLAIS RSIMDTFDEP DDYRGYYS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)