AT1G18440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptidyl-tRNA hydrolase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Peptidyl-tRNA hydrolase family protein; FUNCTIONS IN: aminoacyl-tRNA hydrolase activity; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site (InterPro:IPR018171), Peptidyl-tRNA hydrolase (InterPro:IPR001328); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peptidyl-tRNA hydrolase family protein (TAIR:AT5G16140.2); Has 8043 Blast hits to 8040 proteins in 2597 species: Archae - 0; Bacteria - 5299; Metazoa - 47; Fungi - 102; Plants - 126; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2469 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6345994..6347686 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31563.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 288 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKAVAFPAKI ANLSFPSNCC SLFFRSPATF LSPALPCRKL TKGIRGLEGL MSQCLSSSSQ SLSFSSNSFS SQPESELLQA LPSSKPKSPP LQLPWLIVGL 101: GNPGKKYQGT RHNVGFEMVD ALADAEGISM NTVNFKALFG KGVIGNIPIM LAKPQTFMNL SGESVGQIVS FYKIPLKQVL VVYDDLDLPF GKLRLLPKGG 201: HGGHNGMRSI IDRLKGSRDF PRLRIGIGRP PGKMDTANFV LRQFNRQEQE ELDHTFQTGL EAIRILLLEG FNKSATFVNT RKSMEQLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)