AT1G18010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.842 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: transmembrane transport; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major facilitator superfamily MFS-1 (InterPro:IPR011701), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT1G18000.1); Has 758 Blast hits to 750 proteins in 174 species: Archae - 0; Bacteria - 91; Metazoa - 141; Fungi - 422; Plants - 82; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 22 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6199980..6201359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49973.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 459 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNVRDEGKTT AEKHGGGEEN KSPENKWRFN SPLAQVSLMG FVCFCCPGMF NALSGMGGGG QVDPTAANNA NTAVYTAFTV FGLLGGGFYN VLGPRLTLAA 101: GCSTYVLYAG SFLYYNHHHH QAFAIVAGAL LGCGAGLLWA GEGAVMTSYP PPHRKGTYIA LFWSIFNLGG VIGGLIPFIL NYQRSSAASV NDSTYIAFMC 201: FMFAGVLLSF GILPATSVIR NDGSRCSAVK YSRPSTEAAA VLRLFLDRKM LLIVPAAWAS NFFYSYQFNN VNGLLFNLRT RGFNNVFYWG AQMAGSIAIG 301: YVMDFSFKSR RARGFTGISL VAVIGTIIWA GGLANQHGYS LDKLPEKKLD FKDSGIEFAG PFVLYMSYGL LDAMYQSMVY WLIGALADDS QTLSRYSGFY 401: KGVQSAGAAV AWQVDTRKVP LMSQLIVNWS LTTVSYPLLV LLVYFYVKND NDDDSNDKV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)