AT1G17700.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : prenylated RAB acceptor 1.F1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
prenylated RAB acceptor 1.F1 (PRA1.F1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Prenylated rab acceptor PRA1 (InterPro:IPR004895); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PRA1 (Prenylated rab acceptor) family protein (TAIR:AT1G55190.1); Has 501 Blast hits to 501 proteins in 103 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 111; Fungi - 27; Plants - 322; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 41 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6089588..6090130 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20446.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 180 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTYGTNQKS SNDLAPKLEY ITRGINQHKR SGLATRRPWK QMLDLGSFNF PRKLATVITR IRANTVYFQT NYTIVVLFSV FLSLIWNPFS LLVLLALLGA 101: WLFLYFLRDE PLTVFDREID HRIVLIIMSV ITLSILFLTD AKLNIAVAIV AGALAVLSHA AVRKTEDLFQ TDEETSLLNP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)