AT1G16240.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.744 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of 24 Arabidopsis syntaxins. Its mRNA has been shown to be expressed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 51 (SYP51); FUNCTIONS IN: SNAP receptor activity; INVOLVED IN: vesicle-mediated transport; LOCATED IN: endosome membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 52 (TAIR:AT1G79590.2); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5555183..5556340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25890.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 232 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSDSWMR AYNEALKLSE EINGMISERS SSAVTGPDAQ RRASAIRRKI TIFGNKLDSL QSLLAEIHGK PISEKEMNRR KDMVGNLRSK ANQMANALNM 101: SNFANRDSLL GPDIKPDDSM SRVTGMDNQG IVGYQRQVMR EQDEGLEQLE GTVMSTKHIA LAVSEELDLQ TRLIDDLDYH VDVTDSRLRR VQKSLAVMNK 201: NMRSGCSCMS MLLSVLGIVG LAVVIWMLVK YM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)