AT1G14610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : valyl-tRNA synthetase / valine--tRNA ligase (VALRS) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Required for proper proliferation of basal cells. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TWIN 2 (TWN2); FUNCTIONS IN: valine-tRNA ligase activity, aminoacyl-tRNA ligase activity, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: tRNA aminoacylation for protein translation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Valyl-tRNA synthetase, class Ia (InterPro:IPR002303), Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site (InterPro:IPR001412), Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding (InterPro:IPR009080), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, class Ia, editing (InterPro:IPR009008), Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding (InterPro:IPR013155), Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia (InterPro:IPR002300), Valyl-tRNA synthetase, class Ia, N-terminal (InterPro:IPR019754); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATP binding;valine-tRNA ligases;aminoacyl-tRNA ligases;nucleotide binding;ATP binding;aminoacyl-tRNA ligases (TAIR:AT5G16715.1); Has 39194 Blast hits to 36732 proteins in 3122 species: Archae - 839; Bacteria - 19755; Metazoa - 1534; Fungi - 892; Plants - 369; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 15802 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5008502..5014486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 125933.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1108 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MSLLFLRRAK PLFVSCCSAT HSRSSFLSPT LTNQLVRSFH GSRTMSESEK KILTEEELER KKKKEEKAKE KELKKQKALE KERLAELKAK QAKDGTNVPK 0101: KSAKKSSKRD ASEENPEDFV DPETPLGERK RLSSQMAKQY SPATVEKSWY AWWEKSDLFK ADAKSSKPPF VIVLPPPNVT GALHIGHALT SAIEDTIIRW 0201: KRMSGYNALW VPGVDHAGIA TQVVVEKKIM RDRGMTRHDV GREEFVKEVW KWKNQYGGTI LTQLRRLGAS LDWSRECFTM DEQRSKAVTE AFVRLYKEGL 0301: IYRDIRLVNW DCILRTAISD VEVEYIDIKE KTLLKVPGYE KPVEFGLLTS FAYPLEGGLG EVIVATTRVE TMLGDTAIAI HPDDARYKHL HGKFAVHPFN 0401: GRKLPIICDG ILVDPNFGTG CVKITPAHDP NDCEVGKRHK LEFINIFTDD GKINTNGGSD FAGMPRFAAR EAVVEALQKQ GLYRGAKNNE MRLGLCSRTN 0501: DVIEPMIKPQ WYVNCSMIGK EALDVAITDE NKKLEFVPKQ YTAEWRRWLE NIRDWCISRQ LWWGHRIPAW YATLEEDQLK EVGAYSDHWV VARTEDDARE 0601: EAAQKFLGKK FELTRDPDVL DTWFSSGLFP LSVLGWPDVT DDFKAFYPTS VLETGHDILF FWVARMVMMG MKLGGEVPFS KVYFHPMIRD AHGRKMSKSL 0701: GNVIDPLEVI NGVTLEGLHK RLEEGNLDPK EVIVAKEGQV KDFPNGIPEC GTDALRFALV SYTAQSDKIN LDILRVVGYR QWCNKLWNAV RFAMMKLGDG 0801: YTPPQTLSPE TMPFSCQWIL SVLNKAISKT VVSLDAFEFS DAANTIYAWW QYQFCDVYIE AIKPYFAGDN PTFASERAHA QHALWISLET GLRLLHPFMP 0901: FVTEELWQRL PAPKDTERKA SIMICDYPSA IENWSNEKVE SEMDTVLATV KCMRALRAGL LEKQKNERLP AFALCENNVT SEIVKSHELE IRTLANLSSL 1001: EVVSKGQHAA PPGSSVETVN ENLKVYLEVD GAINTEAEQE KIRNKIGELQ KQKEKLQKMM SVSTYEEKVP ANIKEDNANK LAKILQEFDF FEKESARLAA 1101: ETSNSGNQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)