AT1G12760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.949 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, zinc ion binding; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein (TAIR:AT1G63170.1); Has 9873 Blast hits to 9851 proteins in 276 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 2638; Fungi - 764; Plants - 5094; Viruses - 23; Other Eukaryotes - 1348 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4348728..4350512 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45088.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 408 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTETTTGNS SLIPASSSSS SSDAIDPAPL LFNGDDNEGN NGGGGGERRS VRRQGLREAA RFLSRASSGR VMREPSMLVR EAAAEQLEER QSDWAYSKPV 101: VVLDIVWNLA FVSVATAILV MSRKEHPIMP LRVWLLGYAL QCVLHMVCVC VEYRRRNRRR TNRTTTTTPP RSRSSSSSSS SSSLEEEALG SRRNSGVQDL 201: SLGHLDTESS SVAKHLESAN TMFSFIWWII GFYWVSAGGQ ELAQESPRIY WLSIVFLGFD VFFVVFCVAL ACVIGIAVCC CLPCIIAVLY AVADQEGASK 301: EDIEQLTKFK FRKLGDANKH TNDEAQGTTE GIMTECGTDS PIEHTLLQED AECCICLSAY EDGTELRELP CGHHFHCSCV DKWLYINATC PLCKYNILKS 401: SNLDREEV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)