AT1G12520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : copper chaperone for SOD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Copper/zinc superoxide dismutase copper chaperone. Localized to the chloroplast. Expressed in roots and shoots. Up-regulated in response to copper and senescence. The AtACC activates all three CuZnSOD activities located in three different subcellular compartments. Contains three domains, central, ATX-1 like and C-terminal. ATX-1 like domain essential for the copper chaperone function of AtCCS in planta. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
copper chaperone for SOD1 (CCS); FUNCTIONS IN: superoxide dismutase copper chaperone activity, superoxide dismutase activity; INVOLVED IN: cellular copper ion homeostasis; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Superoxide dismutase, copper/zinc binding (InterPro:IPR001424), Heavy metal transport/detoxification protein (InterPro:IPR006121); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: copper/zinc superoxide dismutase 2 (TAIR:AT2G28190.1); Has 3500 Blast hits to 3494 proteins in 885 species: Archae - 2; Bacteria - 672; Metazoa - 1229; Fungi - 394; Plants - 875; Viruses - 122; Other Eukaryotes - 206 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4267277..4268900 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33853.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 320 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASILRSVAT TSAVVAAASA IPIAIAFSSS SSSSSTNPKS QSLNFSFLSR SSPRLLGLSR SFVSSPMATA LTSDRNLHQE DRAMPQLLTE FMVDMTCEGC 101: VNAVKNKLET IEGIEKVEVD LSNQVVRILG SSPVKAMTQA LEQTGRKARL IGQGVPQDFL VSAAVAEFKG PDIFGVVRFA QVSMELARIE ANFTGLSPGT 201: HSWCINEYGD LTNGAASTGS LYNPFQDQTG TEPLGDLGTL EADKNGEAFY SGKKEKLKVA DLIGRAVVVY KTDDNKSGPG LTAAVIARSA GVGENYKKLC 301: SCDGTVIWEA TNSDFVASKV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)