AT1G12420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.987 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ACT domain repeat 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ACT domain repeat 8 (ACR8); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amino acid-binding ACT (InterPro:IPR002912); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ACT domain repeat 7 (TAIR:AT4G22780.1); Has 2013 Blast hits to 1422 proteins in 371 species: Archae - 0; Bacteria - 1118; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 487; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 408 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4226673..4228917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49963.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 441 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMKGYLDEY EKLVIRMNTP RVVIDNGVCS SATIVKVDSS RRNGILLEAV QILTDLNLSI KKAYISSDGT WNMDVFHVTD LNGNKLNDQS VLRYIEQSIE 101: TVYYGENIEV NGLTALELTG TDRIGLLSEM FAVLSDLNCD VVDAKLWTHN GRVASVIYLK DCISGAPILD SHRISKIEGR LKNVLNGDND VNSAAKTCVT 201: VDSMMHIERR LHQLMFEDRD YERRSKKHER SPMVVVTVQN WAERGYSVVN VHCRDRTKLL FDVVCTLTDM EYAVFHATIN TAEDQAHLEF YIRHKDGSPI 301: SSEAERQRVI QCLEAAVERR ALEGVRLELR HPDKQGLLAE VTRTFRENGL NVTRTEISTS SDMATNIFYV TDANGDEPDF KLIESVREKI GLECLRVKEM 401: PTMYHKKGDG EEQQQTKAVL VSLGSLVWRN LFNFGLIKSC S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)