AT1G11980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.979 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-related protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-related protein 3 (RUB3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin subgroup (InterPro:IPR019956), Ubiquitin conserved site (InterPro:IPR019954), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: related to ubiquitin 1 (TAIR:AT1G31340.1); Has 10783 Blast hits to 5743 proteins in 691 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 4770; Fungi - 1304; Plants - 2605; Viruses - 173; Other Eukaryotes - 1917 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4045619..4045855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 8940.95 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 78 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MEIKVKTLTE KQIDIEIELT DTIERIKERI EEKEGIPPVH QRIVYTGKQL ADDLTAKHYN LERGSVLHLV LALRGGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)