AT1G11820.2
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : O-Glycosyl hydrolases family 17 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
O-Glycosyl hydrolases family 17 protein; FUNCTIONS IN: cation binding, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: X8 (InterPro:IPR012946), Glycoside hydrolase, family 17 (InterPro:IPR000490), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: O-Glycosyl hydrolases family 17 protein (TAIR:AT2G01630.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:3991144..3993327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55633.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 511 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFTSMVSTV PVLFFFFTLL LISANSSSLS HNIKVQEQDK DPFVGFNIGT DVSNLLSPTE LVKFLQAQKV NHVRLYDADP ELLKALAKTK VRVIISVPNN 101: QLLAIGSSNS TAASWIGRNV VAYYPETLIT AISVGDEVLT TVPSSAPLLL PAIESLYNAL VASNLHTQIK VSTPHAASIM LDTFPPSQAY FNQTWHSIMV 201: PLLQFLSKTG SPLMMNLYPY YVYMQNKGVV PLDNCLFEPL TPSKEMVDPN TLLHYTNVLD AMVDAAYVSM KNLNVSDVAV LVTESGWPSK GDSKEPYATI 301: DNADTYNSNL IKHVFDRTGT PLHPEMTSSV YIYELFNEDL RAPPVSEASW GLFYGNSTPV YLLHVSGSGT FLANDTTNQT YCIAMDGVDA KTLQAALDWA 401: CGPGRSNCSE IQPGESCYQP NNVKGHASFA FNSYYQKEGR ASGSCDFKGV AMITTTDPSH GSCIFPGSKK VGNRTQTVVN STEVAAGEAT SRSLSRGFCV 501: TIMILVTFSI L |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)