AT1G09590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Translation protein SH3-like family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Translation protein SH3-like family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic ribosome, ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, nucleolus, chloroplast; EXPRESSED IN: guard cell, juvenile leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Translation protein SH3-like (InterPro:IPR008991), Ribosomal protein L21e (InterPro:IPR001147), Ribosomal protein L21e, conserved site (InterPro:IPR018259); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Translation protein SH3-like family protein (TAIR:AT1G09690.1); Has 1439 Blast hits to 1439 proteins in 381 species: Archae - 214; Bacteria - 0; Metazoa - 709; Fungi - 179; Plants - 136; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 201 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3106549..3107606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18653.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 164 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPAGHGVRAR TRDLFARPFR KKGYIPLSTY LRTFKVGDYV DVKVNGAIHK GMPHKFYHGR TGRIWNVTKR AVGVEVNKQI GNRIIRKRIH VRVEHVQQSR 101: CAEEFKLRKK KNDELKAAAK ANGETISTKR QPKGPKPGFM VEGMTLETVT PIPYDVVNDL KGGY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)