AT1G09410.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.998 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT1G56690.1); Has 49310 Blast hits to 14061 proteins in 238 species: Archae - 0; Bacteria - 33; Metazoa - 32; Fungi - 36; Plants - 48709; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 500 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3035443..3037560 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 79798.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 705 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSQILLRRT YSTTIPPPTA NVRITHLSRI GKIHEARKLF DSCDSKSISS WNSMVAGYFA NLMPRDARKL FDEMPDRNII SWNGLVSGYM KNGEIDEARK 101: VFDLMPERNV VSWTALVKGY VHNGKVDVAE SLFWKMPEKN KVSWTVMLIG FLQDGRIDDA CKLYEMIPDK DNIARTSMIH GLCKEGRVDE AREIFDEMSE 201: RSVITWTTMV TGYGQNNRVD DARKIFDVMP EKTEVSWTSM LMGYVQNGRI EDAEELFEVM PVKPVIACNA MISGLGQKGE IAKARRVFDS MKERNDASWQ 301: TVIKIHERNG FELEALDLFI LMQKQGVRPT FPTLISILSV CASLASLHHG KQVHAQLVRC QFDVDVYVAS VLMTMYIKCG ELVKSKLIFD RFPSKDIIMW 401: NSIISGYASH GLGEEALKVF CEMPLSGSTK PNEVTFVATL SACSYAGMVE EGLKIYESME SVFGVKPITA HYACMVDMLG RAGRFNEAME MIDSMTVEPD 501: AAVWGSLLGA CRTHSQLDVA EFCAKKLIEI EPENSGTYIL LSNMYASQGR WADVAELRKL MKTRLVRKSP GCSWTEVENK VHAFTRGGIN SHPEQESILK 601: ILDELDGLLR EAGYNPDCSY ALHDVDEEEK VNSLKYHSER LAVAYALLKL SEGIPIRVMK NLRVCSDCHT AIKIISKVKE REIILRDANR FHHFRNGECS 701: CKDYW |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)