AT1G09100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 26S proteasome AAA-ATPase subunit RPT5B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes RPT5b (Regulatory Particle 5b), one of the six AAA-ATPases of the proteasome regulatory particle. Essential for gametophyte development. In Arabidopsis, the RPT5 subunit is encoded by two highly homologous genes, RPT5a and RPT5b. RPT5a and RPT5b show accession-dependent functional redundancy. In Wassilewskija (Ws) accession: mutant alleles of RPT5a displayed 50% pollen lethality, indicating that RPT5a is essential for male gametophyte development. In the Columbia (Col) accession, a rpt5a mutant allele did not display such a phenotype because the RPT5b Col allele complements the rpt5a defect in the male gametophyte, whereas the RPT5b Ws allele does not. Double rpt5a rpt5b mutants in Col background showed a complete male and female gametophyte lethal phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
26S proteasome AAA-ATPase subunit RPT5B (RPT5B); FUNCTIONS IN: ATPase activity, calmodulin binding; INVOLVED IN: glucose mediated signaling pathway, proteasomal protein catabolic process, embryo sac development, pollen development; LOCATED IN: proteasome complex, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), 26S proteasome subunit P45 (InterPro:IPR005937); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: regulatory particle triple-A ATPase 5A (TAIR:AT3G05530.1); Has 33470 Blast hits to 31156 proteins in 3185 species: Archae - 1434; Bacteria - 12401; Metazoa - 4942; Fungi - 3663; Plants - 3251; Viruses - 53; Other Eukaryotes - 7726 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2936675..2939258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47040.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 423 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATAMAEDTS FEGDQLASMT TDDIGRASRL LANEIRILKE ESQRTNLDLE SVKEKIKENQ EKIKLNKQLP YLVGNIVEIL EMSPEDDAEE DGANIDLDSQ 101: RKGKCVVLKT STRQTIFLPV VGLVDPDTLK PGDLVGVNKD SYLILDTLPS EYDSRVKAME VDEKPTEDYN DIGGLEKQIQ ELVEAIVLPM THKEQFEKLG 201: IRPPKGVLLY GPPGTGKTLM ARACAAQTNA TFLKLAGPQL VQMFIGDGAK LVRDAFLLAK EKSPCIIFID EIDAIGTKRF DSEVSGDREV QRTMLELLNQ 301: LDGFSSDDRI KVIAATNRAD ILDPALMRSG RLDRKIEFPH PTEEARGRIL QIHSRKMNVN ADVNFEELAR STDDFNGAQL KAVCVEAGML ALRRDATEVN 401: HEDFNEGIIQ VQAKKKASLN YYA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)