AT1G08820.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.993 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : vamp/synaptobrevin-associated protein 27-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes VAP33-like protein that interacts with cowpea mosaic virus protein 60K. Is a SNARE-like protein that may be involved in vesicular transport to or from the ER. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vamp/synaptobrevin-associated protein 27-2 (VAP27-2); FUNCTIONS IN: structural molecule activity; INVOLVED IN: intracellular transport; LOCATED IN: plasma membrane, endoplasmic reticulum membrane; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PapD-like (InterPro:IPR008962), Major sperm protein (InterPro:IPR000535); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vesicle associated protein (TAIR:AT3G60600.1); Has 1156 Blast hits to 1101 proteins in 218 species: Archae - 0; Bacteria - 19; Metazoa - 465; Fungi - 159; Plants - 427; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 86 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2821810..2824412 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43271.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 386 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNMPLLDIQP RTLQFAVDLK KQTSCVVQLT NTTHHYVAFK VKTTSPKKYC VRPNVGVVAP KSTCEFTVIM QAFKEPPPDM VCKDKFLIQS TAVSAETTDE 101: DITASMFSKA EGKHIEENKL RVTLVPPSDS PELSPINTPK QGAVFEDSIL KDRLYSQSET LAPPQYEGEI VKEPRMVGHD ELKAADNAKE LKTPKMATVD 201: FVEDRYTAND LKATKDSYDS SRMAKETGFD PIRSHKDADD GRAIKATTNL DAPMKKAMDL PRDQGFTNGI AVDSEPKISK ERDVVQLQKT DGQNVRGLDE 301: LKLVKDIEEM KLKVDALESK LKQADSTISK LMEERSISSQ HRQSLQHELA ELRTKKIVKE VHNGFPLLYV CVVAFIAYVI GHFLRT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)