AT1G08130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.500 nucleus 0.500 ASURE: mitochondrion,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA ligase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the Arabidopsis DNA ligase 1 that provides the major DNA ligase activity in cells and plays a key role in both DNA replication and excision repair pathways. Indispensable for cell viability. AtLIG1 expresses one major and two minor mRNA transcripts differing only in the length of the 5' untranslated leader sequences preceding a common ORF. Translation from the first in-frame start codon produces an AtLIG1 isoform that is targeted exclusively to the mitochondria. Translation initiation from the second in-frame start codon produces an AtLIG1 isoform targeted only to the nucleus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DNA ligase 1 (LIG1); FUNCTIONS IN: DNA binding, DNA ligase (ATP) activity, ATP binding; INVOLVED IN: DNA repair, DNA replication, DNA recombination; LOCATED IN: mitochondrion, nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), DNA ligase, N-terminal (InterPro:IPR012308), ATP dependent DNA ligase, central (InterPro:IPR012310), ATP dependent DNA ligase, C-terminal (InterPro:IPR012309), ATP-dependent DNA ligase (InterPro:IPR000977), ATP-dependent DNA ligase, conserved site (InterPro:IPR016059); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATP-dependent DNA ligase (TAIR:AT1G49250.1); Has 3556 Blast hits to 3521 proteins in 879 species: Archae - 298; Bacteria - 1538; Metazoa - 375; Fungi - 434; Plants - 112; Viruses - 159; Other Eukaryotes - 640 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2542913..2547815 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 87745.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 790 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLAIRSSNYL RCIPSLCTKT QISQFSSVLI SFSRQISHLR LSSCHRAMSS SRPSAFDALM SNARAAAKKK TPQTTNLSRS PNKRKIGETQ DANLGKTIVS 101: EGTLPKTEDL LEPVSDSANP RSDTSSIAED SKTGAKKAKT LSKTDEMKSK IGLLKKKPND FDPEKMSCWE KGERVPFLFV ALAFDLISNE SGRIVITDIL 201: CNMLRTVIAT TPEDLVATVY LSANEIAPAH EGVELGIGES TIIKAISEAF GRTEDHVKKQ NTELGDLGLV AKGSRSTQTM MFKPEPLTVV KVFDTFRQIA 301: KESGKDSNEK KKNRMKALLV ATTDCEPLYL TRLLQAKLRL GFSGQTVLAA LGQAAVYNEE HSKPPPNTKS PLEEAAKIVK QVFTVLPVYD IIVPALLSGG 401: VWNLPKTCNF TLGVPIGPML AKPTKGVAEI LNKFQDIVFT CEYKYDGERA QIHFMEDGTF EIYSRNAERN TGKYPDVALA LSRLKKPSVK SFILDCEVVA 501: FDREKKKILP FQILSTRARK NVNVNDIKVG VCIFAFDMLY LNGQQLIQEN LKIRREKLYE SFEEDPGYFQ FATAVTSNDI DEIQKFLDAS VDVGCEGLII 601: KTLDSDATYE PAKRSNNWLK LKKDYMDSIG DSVDLVPIAA FHGRGKRTGV YGAFLLACYD VDKEEFQSIC KIGTGFSDAM LDERSSSLRS QVIATPKQYY 701: RVGDSLNPDV WFEPTEVWEV KAADLTISPV HRAATGIVDP DKGISLRFPR LLRVREDKKP EEATSSEQIA DLYQAQKHNH PSNEVKGDDD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)