AT1G08090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nitrate transporter 2:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
High-affinity nitrate transporter. Up-regulated by nitrate. Functions as a repressor of lateral root initiation independently of nitrate uptake. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nitrate transporter 2:1 (NRT2:1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major facilitator superfamily MFS-1 (InterPro:IPR011701), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nitrate transporter 2.2 (TAIR:AT1G08100.1); Has 5150 Blast hits to 5022 proteins in 1376 species: Archae - 45; Bacteria - 4402; Metazoa - 22; Fungi - 274; Plants - 247; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 160 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2524139..2525920 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57713.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 530 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDSTGEPGS SMHGVTGREQ SFAFSVQSPI VHTDKTAKFD LPVDTEHKAT VFKLFSFAKP HMRTFHLSWI SFSTCFVSTF AAAPLVPIIR ENLNLTKQDI 101: GNAGVASVSG SIFSRLVMGA VCDLLGPRYG CAFLVMLSAP TVFSMSFVSD AAGFITVRFM IGFCLATFVS CQYWMSTMFN SQIIGLVNGT AAGWGNMGGG 201: ITQLLMPIVY EIIRRCGSTA FTAWRIAFFV PGWLHIIMGI LVLNLGQDLP DGNRATLEKA GEVAKDKFGK ILWYAVTNYR TWIFVLLYGY SMGVELSTDN 301: VIAEYFFDRF HLKLHTAGLI AACFGMANFF ARPAGGYASD FAAKYFGMRG RLWTLWIIQT AGGLFCVWLG RANTLVTAVV AMVLFSMGAQ AACGATFAIV 401: PFVSRRALGI ISGLTGAGGN FGSGLTQLLF FSTSHFTTEQ GLTWMGVMIV ACTLPVTLVH FPQWGSMFLP PSTDPVKGTE AHYYGSEWNE QEKQKNMHQG 501: SLRFAENAKS EGGRRVRSAA TPPENTPNNV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)