AT1G08070.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast RNA editing factor. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ORGANELLE TRANSCRIPT PROCESSING 82 (OTP82); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT2G29760.1); Has 45065 Blast hits to 15003 proteins in 296 species: Archae - 0; Bacteria - 12; Metazoa - 221; Fungi - 219; Plants - 43815; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 798 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2514374..2516599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 83516.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 741 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMLSCSPLTV PSSSYPFHFL PSSSDPPYDS IRNHPSLSLL HNCKTLQSLR IIHAQMIKIG LHNTNYALSK LIEFCILSPH FEGLPYAISV FKTIQEPNLL 101: IWNTMFRGHA LSSDPVSALK LYVCMISLGL LPNSYTFPFV LKSCAKSKAF KEGQQIHGHV LKLGCDLDLY VHTSLISMYV QNGRLEDAHK VFDKSPHRDV 201: VSYTALIKGY ASRGYIENAQ KLFDEIPVKD VVSWNAMISG YAETGNYKEA LELFKDMMKT NVRPDESTMV TVVSACAQSG SIELGRQVHL WIDDHGFGSN 301: LKIVNALIDL YSKCGELETA CGLFERLPYK DVISWNTLIG GYTHMNLYKE ALLLFQEMLR SGETPNDVTM LSILPACAHL GAIDIGRWIH VYIDKRLKGV 401: TNASSLRTSL IDMYAKCGDI EAAHQVFNSI LHKSLSSWNA MIFGFAMHGR ADASFDLFSR MRKIGIQPDD ITFVGLLSAC SHSGMLDLGR HIFRTMTQDY 501: KMTPKLEHYG CMIDLLGHSG LFKEAEEMIN MMEMEPDGVI WCSLLKACKM HGNVELGESF AENLIKIEPE NPGSYVLLSN IYASAGRWNE VAKTRALLND 601: KGMKKVPGCS SIEIDSVVHE FIIGDKFHPR NREIYGMLEE MEVLLEKAGF VPDTSEVLQE MEEEWKEGAL RHHSEKLAIA FGLISTKPGT KLTIVKNLRV 701: CRNCHEATKL ISKIYKREII ARDRTRFHHF RDGVCSCNDY W |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)