AT1G06430.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : FTSH protease 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
encodes a FtsH protease that is localized to the chloroplast | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
FTSH protease 8 (FTSH8); FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, ATP-dependent peptidase activity, ATPase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: PSII associated light-harvesting complex II catabolic process; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast, membrane, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M41, FtsH (InterPro:IPR005936), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), Peptidase M41 (InterPro:IPR000642), Peptidase M41, FtsH extracellular (InterPro:IPR011546); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FtsH extracellular protease family (TAIR:AT2G30950.1); Has 41562 Blast hits to 39150 proteins in 3282 species: Archae - 1592; Bacteria - 17123; Metazoa - 4966; Fungi - 3846; Plants - 3320; Viruses - 34; Other Eukaryotes - 10681 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1960214..1962525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 73202.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 5.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 685 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASSACLLG NGLSVYTTKQ RFQKLGLDRT SKVTVVKASL DEKKHEGRRG FFKLLLGNAA AGVGLLASGN ANADEQGQGV SSSRMSYSRF LEYLDKGRVE 101: KVDLYENGTI AIVEAVSPEL GNRIQRVRVQ LPGLSQELLQ KLRAKNIDFA AHNAQEDQGS PILNLIGNLA FPVILIGGLF LLSRRSSGGM GGPGGPGFPL 201: QIGQSKAKFQ MEPNTGVTFD DVAGVDEAKQ DFMEVVEFLK KPERFTAVGA RIPKGVLLVG PPGTGKTLLA KAIAGEAGVP FFSISGSEFV EMFVGVGASR 301: VRDLFKKAKE NAPCIVFVDE IDAVGRQRGT GIGGGNDERE QTLNQLLTEM DGFEGNTGVI VVAATNRADI LDSALLRPGR FDRQVSVDVP DVKGRTDILK 401: VHSGNKKFES GVSLEVIAMR TPGFSGADLA NLLNEAAILA GRRGKTAISS KEIDDSIDRI VAGMEGTVMT DGKSKSLVAY HEVGHAICGT LTPGHDAVQK 501: VTLIPRGQAR GLTWFIPSDD PTLISKQQLF ARIVGGLGGR AAEEVIFGES EVTTGAVSDL QQITGLAKQM VTTFGMSEIG PWSLMDSSEQ SDVIMRMMAR 601: NSMSEKLAND IDTAVKTLSD KAYEIALSQI RNNREAMDKI VEILLEKETM SGDEFRAILS EFTEIPPENR VASSTSTSTP TPASV |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)